目前食品行業噴碼技術的主要難點有：

1、在不同材質表面進行標識。食品的包裝材質與標識內容多種多樣，要在不同的材質表面標識不同的內容，如選用噴墨標碼，需要有適用于不同要求的一系列的噴頭型號，包括能獲得標識質量的小字符噴頭；若采用激光噴碼技術
2、噴印質量，能否獲得清晰、噴印質量是生產企業關心的問題。油墨的附著力通常是油墨選型的一個重要參考指標。在高光潔度和高密度的表面應選取高附著力的油墨，普通情況以選取通用油墨為佳。對于一些需在食品上噴碼的情況，應選食品級墨水或環保墨水。對于噴碼后馬上要包裝的產品，油墨的干燥時間尤為重要，可選快干型的油墨，也可采取添加吹風裝置加快油墨干燥。

3、適合嚴峻的生產環境和嚴格的衛生要求。食品生產廠家在選擇噴碼機的時候，必須要考慮耐高潮濕、高粉塵的性能。因此噴碼機的不銹鋼構造和IP65保護裝置常常很有要。